Er besuchte das Camerloher Gymnasium und legte hier auch sein Abitur ab. Am Münchner Richard-Strauss-Konservatorium studierte er Klavier bei Gernot Sieber und Komposition bei Peter Jona Korn. Anschließend studierte er Musikwissenschaft an der Ludwig-Maximilians-Universität München, wo er hauptsächlich über mittelalterliche Musik arbeitete. Nach erfolgreichem Abschluss der beiden Studiengänge begann er in der städtischen Sing- und Musikschule Freising als Lehrer für Klavier, Ensemble und Theorie zu arbeiten. 2008 wurde er zum Leiter der Musikschule ernannt. 2011 erhielt er den Kulturpreis des Freisinger Landkreises.
Martin Keeser ist neben seiner pädagogischen Tätigkeit (unter anderem ist er der Verfasser einer weit verbreiteten Klavierschule) der Autor von sechs Musicals für Kinder, Jugendliche und Erwachsene (ZeitKind, Frederick, die Maus, Arleccin und Julia, Knecht Warze, TraumTrollsNacht und die Feuerhex), die in den letzten Jahren zahlreiche erfolgreiche Aufführungen und Inszenierungen erlebt haben.
Seit 2009 leitet er das „Freisinger Symphonieorchester“.